ChIP實驗原理：是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復(fù)合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，通過對目的片段的純化與檢測，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。

1.細胞交聯(lián) Crosslinking

目的：通過甲醛交聯(lián)將蛋白質(zhì)與DNA結(jié)合固定，形成穩(wěn)定的復(fù)合物。

步驟：向細胞培養(yǎng)基中加入甲醛（通常濃度為1%），孵育10-15分鐘。加入甘氨酸終止交聯(lián)反應(yīng)。收集細胞，用預(yù)冷的PBS洗滌

2.細胞裂解 Cell Lysis

目的：裂解細胞，釋放染色質(zhì)

步驟：使用含有蛋白酶抑制劑的裂解緩沖液裂解細胞。

離心收集細胞核。

3.染色質(zhì)打斷 Chromatin Shearing

目的：將染色質(zhì)打斷成200-1000 bp的片段，便于后續(xù)免疫沉淀。

步驟：（注意打斷后需通過瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀檢測片段大小。）

超聲打斷：使用超聲儀將染色質(zhì)打斷。

酶解法：使用微球菌核酸酶（MNase）消化染色質(zhì)。

4.免疫沉淀 Immunoprecipitation, IP

目的：利用特異性抗體捕獲目標(biāo)蛋白-DNA復(fù)合物。

步驟：將染色質(zhì)片段與目標(biāo)蛋白的特異性抗體孵育（通常過夜）。加入Protein A/G磁珠或瓊脂糖珠，捕獲抗體-蛋白-DNA復(fù)合物。洗滌磁珠，去除非特異性結(jié)合。

5.解交聯(lián) Reverse Crosslinking

目的：釋放DNA，便于后續(xù)分析。

步驟：加入含有蛋白酶K的解交聯(lián)緩沖液，65℃孵育數(shù)小時或過夜。加熱使蛋白質(zhì)變性，釋放DNA。

6.DNA純化 DNA Purification

目的：純化DNA，去除蛋白質(zhì)和RNA。

步驟：使用酚-氯仿抽提或商業(yè)化的DNA純化試劑盒。通過乙醇沉淀或離心柱法回收DNA。

7.DNA分析 DNA Analysis

目的：檢測目標(biāo)DNA片段。

方法：qPCR：定量檢測目標(biāo)DNA片段的富集程度。

測序（ChIP-seq）：高通量測序分析全基因組范圍內(nèi)的蛋白質(zhì)結(jié)合位點。

ChIP實驗的關(guān)鍵點：

抗體特異性：抗體的質(zhì)量直接影響實驗結(jié)果，需選擇經(jīng)過驗證的高特異性抗體。

染色質(zhì)打斷：片段大小需控制在200-1000 bp，過大或過小都會影響免疫沉淀效率。

對照設(shè)置：包括Input對照、IgG對照等，確保實驗結(jié)果的可靠性。

ChIP實驗雖然步驟較多，但通過優(yōu)化條件和選擇合適的工具（如高效的DNA打斷儀），可以顯著提高實驗效率和成功率。

傳統(tǒng)超聲打斷法存在諸多痛點：

操作繁瑣，耗時耗力：需要反復(fù)摸索超聲條件，耗時長達數(shù)小時。

樣本損失大，重復(fù)性差：超聲過程中容易產(chǎn)生熱量，導(dǎo)致樣本降解，實驗結(jié)果不穩(wěn)定。

難以處理微量樣本：傳統(tǒng)方法對樣本量要求高，難以滿足微量樣本的實驗需求。

別擔(dān)心！這款凈信DNA打斷儀，專為ChIP實驗量身打造！

高效便捷，省時省力：采用獨特的非接觸超聲波DNA打斷技術(shù)，利用超聲波的能量，通過非接觸的方式對DNA樣品進行打斷，從而得到所需的DNA片段，效率提升數(shù)倍！

①溫和打斷，保護樣本完整性： 精確控制能量輸出，避免熱效應(yīng)，最大程度保護DNA完整性，確保實驗結(jié)果準確可靠。

②微量樣本，輕松應(yīng)對：可處理微量樣本，滿足各種實驗需求。

③這款DNA打斷儀，不僅是ChIP實驗的得力助手，還可應(yīng)用于：下一代測序（NGS）文庫制備、DNA片段化分析、DNA蛋白質(zhì)相互作用研究。